Fundado no ano 2000, o projeto social São Rafael é mantido pela Basílica Santuário de Nazaré, e tem como missão o desenvolvimento social crianças e jovens do município de Ananindeua, Região Metropolitana de Belém, que vivem em situação de vulnerabilidade social. O projeto oferece uma série de ações por meio de atividades socioeducativas, culturais e esportivas.

Os assistidos pela instituição contam com atividades lúdicas e pedagógicas, como incentivo à leitura, escrita, artes cênicas, artes plásticas, música, informática e esportes, de segunda a sábado, nos turnos da manhã e da tarde. Para participar é necessário estar matriculado na rede pública de ensino.

A Unidade São Rafael é mantida com recursos da própria Basílica, doações e parcerias com instituições públicas e privadas. Cada gesto de colaboração se transforma em esperança e oportunidade para centenas de famílias atingidas diretamente pela transformação dessas crianças. O projeto representa, na prática, a extensão do carisma evangelizador e da missão da Basílica Santuário de Nazaré, que vai além da celebração da fé, alcançando a promoção da vida e a construção de uma sociedade mais justa, fraterna e solidária, como ensinou Jesus Cristo.