A Paróquia Nossa Senhora de Nazaré do Desterro foi criada por meio da lei municipal n° 386, no dia 11 de outubro de 1861, sancionada pelo presidente Dr. Francisco Carlos de Araújo Brusques. O primeiro Vigário, Padre João Monteiro da Cunha, tomou posse no dia 27 de fevereiro de 1870, ato oficiado na ermida, pois estava em construção o penúltimo templo, erguido ao lado da atual Basílica. Antes de receber o título paroquial, a capela estava vinculada à Paróquia da Santíssima Trindade.

A perseguição napoleónicas e as diversas asperezas sofridas pela Igreja europeia, orquestradas por aqueles que eram contrários à fé Católica, criaram um clima cada vez mais difícil para a Província Barnabítica Franco-belga (França e Bélgica). Os religiosos Barnabitas que se encontravam na França foram expulsos, superlotando, consequentemente, nossas casas na Bélgica.
A Cúria Generalíssima da Ordem dos Clérigos Regulares de São Paulo, após acordos com os bispos do Brasil (Dom Luiz Raimundo da Silva - Bispo de Olinda, Recife/PE e Dom Francisco do Rego Maia, Belém/PA) aprova a ida de dez Barnabitas para iniciarem a nova missão. No dia 21 de agosto de 1903, nos portos de Belém e Recife, chegaram as estas terras, os missionários Barnabitas de nacionalidades belga, francesa e italiana.
Em Belém do Pará, os Barnabitas assumiram a direção do Seminário da Arquidiocese, que naqueles anos funcionava no complexo adjacente a Igreja de Santo Alexandre, Cidade Velha. Foram oito anos de intenso trabalho. Com efeito, os religiosos assumiram a direção intelectual, espiritual e econômica da casa de formação. Nesse período, segundo Padre Vicenzo Maria di Schina, com homens de profunda espiritualidade e elevada cultura na direção da casa, o seminário arquidiocesano viveu sua época de euro.

Em 03 de fevereiro de 1905, os Padres Barnabitas assumiram a Paróquia de Nossa Senhora de Nazaré do Desterro em Belém do Pará.

Os séculos XX e XXI foram de frutuosa expansão: Do estado do Pará os Barnabitas abriram frente de missão no Maranhão, Rio de Janeiro, Belo Horizonte, Rio Grande do Sul, São Paulo, Ceará e Brasília – Distrito Federal.

No dia 24 de outubro de 1909 aconteceu o lançamento da pedra fundamental da nova Igreja de Nossa Senhora de Nazaré.
Para a bênção da pedra fundamental da Basílica, escreveu-se o hino “Vós sois o Lírio mimoso”, com letra do poeta Euclydes de Faria. A canção havia sido feita a Nossa Senhora Mãe da Divina Providência, patrona dos Barnabitas e, a pedido do Padre Afonso, Aldebaro Klautau escreveu o estribilho onde diz: “Fonte de amor e de fé, dai-nos a bênção bondosa, Senhora de Nazaré”, adaptando assim o canto à devoção nazarena

No dia 09 de Outubro de 1920 a Imagem Original de Nossa Senhora de Nazaré sai da Paróquia antiga e é levada para a nova Igreja que estava sendo construída, onde até hoje está, no Glória.

Altar-Mor é o altar principal da Basílica de Nazaré. O processo de construção do altar mor da Casa da Mãe de Nazaré foi feito pelo belenense Antônio Vita, as artes foram idealizadas pelo Professor Octavio Grolla, em parceria com o Instituto de Belas Artes de Milão, que ajudou na parte de projeção e desenho. Professor Grolla, de origem italiana, teve uma atuação importante na decoração da Basílica de Nazaré.
Em fevereiro de 1923, se iniciou as obras, a conclusão se deu em julho do mesmo ano. O altar mede cinco metros de largura e é revestido de mármores brancos de carrara.
Alguns detalhes:
Símbolos eucarísticos: de dentro dos vasos brotam ramos de videira, eles fazem referência ao vinho que, por sua vez, remetem-nos ao Sangue de Cristo; Feixes de trigo: aludem ao pão e, por conseguinte, ao Corpo de Cristo; No tímpano: há uma pombinha entre raios, lembra-nos a presença do Espírito Santo; Os quatro anjos: são de mármore carrara, sustentam candelabros dourados, obra de Antonio Bozzano; As portas do tabernáculo são fundidas em bronze, desenho do professor Grolla e chegaram a Belém em 12 de março de 1923.
A sagração do altar se deu em agosto de 1923 ministrada por Dom Irineu Joffily.

Considerado um lugar de paz e refúgio àqueles que necessitam, a Basílica guarda a Imagem de Nossa Senhora de Nazaré achada por Plácido de Souza. Diante os vários milagres atribuídos à Imagem, milhares de pessoas passam pelo templo em busca de uma maior proximidade com a Mãe de Deus e de toda a humanidade. E foi no dia 19 de julho de 1923 que um acontecimento marcaria a história de um templo dedicado a Virgem Maria e reforçaria a imponência do local sagrado: a então Paróquia de Nazaré fora concedida o título de Basílica Menor, a terceira do Brasil.
Uma Igreja recebe o título de “Basílica” por meio de uma concessão do Papa. Uma das razões é a importância espiritual e histórica para o povo da região na qual é localizada, item que a expressão de fé e a devoção dos paraenses explica muito bem, já que têm a Virgem de Nazaré como padroeira. Por isso, sentem-se intimamente ligados a ela.
O Papa Pio XI foi quem concedeu tal honraria, e o Documento Papal relata:
“Existe na cidade de Belém do Pará, Brasil, a igreja paroquial erigida em honra da Virgem, sob a invocação da Bem aventurada Virgem de Nazareth, que, pela imponência da construção, pelo esplendor das obras de arte, pelo brilhantismo do culto, celebérrima, outrossim, pela frequência e devoção dos fiéis, pode com justiça e direito ser enumerada entre os principais santuários consagrados em terra brasileira, à Bem aventurada Virgem Maria. […] nos dignemos elevar esta igreja à categoria Basílica”.

No dia 16 de julho de 1924 foi inaugurado o mosaico da Coroação de Nossa Senhora de Nazaré, que a glorificação da Mãe de Nazaré pela população do Pará. O mosaico foi encomendado à firma Gianese de Veneza.

A coroação canônica da Virgem de Nazaré foi realizada em 1953, como um dos pontos de maior destaque durante a programação do VI Congresso Eucarístico Nacional, realizado em Belém do Pará, na presença de uma numerosa multidão que lotava a Praça do Congresso, que hoje é chamada de Praça Waldemar Henrique. Na manhã daquele mesmo dia, o Papa Pio XII enviou uma mensagem de rádio, em português, saudando os congressistas e exaltando a Eucaristia; não poderia faltar a demonstração de amor do povo de Belém e do Brasil à Mãe de Nosso Senhor Jesus Cristo.

A coroa é composta por uma delicada tiara e um lindo resplendor de hastes, tudo em ouro, e ornadas em pedras preciosas que foram dádivas das famílias paraenses e da colônia de paraenses que moravam no Rio de Janeiro. Por meio de uma campanha de Pe. Afonso, as famílias doaram anéis, colares, alianças de casamento e outros itens de ouro para que pudessem ser derretidos e feita a nova peça. O manto é de seda branca com obra artística de filigrana (técnica de ourivesaria que consiste na aplicação de fios de ouro entrelaçados e soldados delicadamente), ambos adereços foram confeccionados no Rio de Janeiro.

A Lei n° 4.371, de 15 de dezembro de 1971, assinada pelo então governador Fernando Guilhon, proclamou Nossa Senhora de Nazaré Patrona do Estado do Pará, a partir daí a Santa passou a receber honras de Chefe de Estado.
Devido a Lei, todo ano, na chegada da Romaria Fluvial, na escadinha (Praça Pedro Teixeira), a Imagem é recebida com honras de Chefe de Estado, pela Polícia Militar, fato que se repete desde 1999.

No dia 09 de outubro de 1992 aconteceu o 200º Círio de Nossa Senhora de Nazaré, com o tema: “Duzentos anos de Fé”.
Pela primeira vez, a Imagem Original sai à frente da procissão. Por ser o ano 200 é a Imagem Original que sai às ruas de Belém, inaugurado o marco comemorativo.

Em 31 de maio de 2006, os filhos e filhas de Nossa Senhora de Nazaré receberam uma grande dádiva: a elevação da Basílica de Nazaré a Santuário Mariano da Arquidiocese de Belém. O título foi outorgado pelo então arcebispo de Belém, Cardeal Dom Orani João Tempesta, hoje Arcebispo do Rio de Janeiro. A elevação estimulou o aumento de visitas dos peregrinos ao Santuário, haja vista que a Basílica Santuário é o centro da maior manifestação religiosa do mundo: o Círio de Nazaré.
Referência de devoção Mariana no Brasil, o templo acolhe, diariamente, os peregrinos que se deslocam de vários lugares do País e do Mundo para fazer suas orações, agradecer por graças alcançadas, participar das celebrações eucarísticas ou para conhecer as características arquitetônicas que o templo possui.
É Ela que nos aponta Jesus, que é o caminho, a verdade e vida (Jo 14,6).

A Igreja de Nazaré, conhecida mundialmente como referência pela devoção mariana na Amazônia, comemorou no dia 19 de julho 2023, 100 anos do título basilical com uma programação especial que contou com missas e exposições.

Na ocasião, também foram apresentadas as novas Insígnias papais da Basílica de Nazaré.
As insígnias papais denominadas Tintinabulo e o Umbráculo, tem suas origens diretamente ligadas ao Papa e procissões. O Umbráculo tinha como função fornecer sombra ao Santo Padre e protege-lo do sol. Já o tintinabulo era o anuncio aos fieis de que o pontífice estava presente na procissão, o objeto sempre a frente da caminhada. Com o decorrer do tempo, os ambos se tornaram símbolos das basílicas, como uma representação da união das igrejas com o vaticano.